Crédit d'impôt recherche : quelles dépenses sont éligibles au CIR ?

Le crédit d'impôt recherche demeure l'un des dispositifs fiscaux les plus mobilisés par les entreprises innovantes, mais aussi l'un des plus contrôlés. La raison en est simple : son éligibilité ne se déduit pas d'une simple écriture comptable, elle suppose de qualifier juridiquement la nature scientifique et technique des travaux menés, puis de rattacher à cette qualification des postes de dépenses strictement définis par la loi. Une entreprise peut ainsi engager des frais de recherche parfaitement réels sans que ceux-ci ouvrent droit au crédit d'impôt, faute de respecter l'une des conditions posées par le code général des impôts.

Cet article dresse un panorama actualisé des dépenses éligibles au CIR, en tenant compte des resserrements significatifs opérés par la loi de finances pour 2025, qui a modifié plusieurs paramètres du dispositif pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025. Il aborde également le régime propre aux dépenses d'innovation, les conditions applicables à la sous-traitance, et les points de vigilance qui reviennent le plus fréquemment en cas de contrôle fiscal.

Le CIR en principe : un avantage fiscal conditionné à la nature des travaux

Le crédit d'impôt recherche est défini par l'article 244 quater B du code général des impôts, qui ouvre ce dispositif aux entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel, quelle que soit leur taille. Le taux applicable est de 30 % pour la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d'euros, et de 5 % au-delà de ce montant ; ce premier taux est porté à 50 % pour les dépenses exposées dans des exploitations situées dans un département d'outre-mer.

L'enjeu central de ce dispositif ne réside pas dans son taux, relativement simple à appliquer, mais dans la qualification des travaux qui y ouvrent droit : seules les opérations de recherche fondamentale, de recherche appliquée et de développement expérimental relèvent du CIR proprement dit, à distinguer des opérations de conception de prototypes ou d'installations pilotes de nouveaux produits, qui relèvent, elles, du crédit d'impôt innovation évoqué plus loin dans cet article. Une dépense de recherche réellement engagée par l'entreprise ne devient éligible qu'à la condition de se rattacher à l'une de ces catégories de travaux et de correspondre à l'un des postes de dépenses limitativement énumérés par le II de l'article 244 quater B du CGI.

Quelles dépenses sont éligibles au CIR ?

Cette section détaille, poste par poste, les catégories de dépenses retenues par l'article 244 quater B du CGI, chacune répondant à des conditions et, pour certaines, à des forfaits de calcul qui leur sont propres.

Les dépenses de personnel affecté à la R&D

Sont éligibles les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de recherche, en application du b du II de l'article 244 quater B du CGI. Sont prises en compte à ce titre les rémunérations et leurs accessoires, ainsi que les cotisations sociales, dans la mesure où elles correspondent à des cotisations obligatoires ; les taxes assises sur les salaires, en revanche, en sont exclues. Le personnel de soutien — activités administratives, commerciales, juridiques, de transport ou d'entretien notamment — est expressément écarté du champ du crédit d'impôt, dès lors qu'il ne participe pas directement aux tâches scientifiques et techniques de la R&D.

Il convient de signaler ici une évolution récente : jusqu'au 15 février 2025, les dépenses de personnel relatives à un jeune docteur recruté pour la première fois en contrat à durée indéterminée étaient retenues pour le double de leur montant pendant les 24 mois suivant son recrutement, sous condition de maintien de l'effectif de recherche. Ce mécanisme incitatif a été supprimé par la loi de finances pour 2025 pour les dépenses exposées à compter de cette date : la rémunération d'un jeune docteur est désormais retenue selon les mêmes modalités que celle d'un ingénieur ou d'un technicien de recherche classique.

Les dotations aux amortissements du matériel de recherche

En application du a du II de l'article 244 quater B du CGI, sont éligibles les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la réalisation d'opérations de recherche scientifique et technique. Les biens détenus en location ou en crédit-bail ne génèrent, par construction, aucun amortissement chez l'entreprise utilisatrice : seule la dépense de loyer correspondante peut, le cas échéant, entrer dans le forfait de fonctionnement décrit ci-après.

Les dépenses de normalisation

L'article 244 quater B, II-g du CGI retient également, pour la moitié de leur montant, les dépenses de normalisation afférentes aux produits de l'entreprise : salaires et charges sociales des salariés participant aux réunions officielles de normalisation, ainsi qu'un forfait complémentaire représentatif des autres dépenses exposées à ce titre.

Les frais de fonctionnement forfaitaires

Le code général des impôts prévoit, au c du II de l'article 244 quater B, un forfait de frais de fonctionnement destiné à couvrir les charges indirectes de la recherche, sans que l'entreprise ait à en justifier le détail. Ce forfait s'ajoute aux dépenses de personnel et aux dotations aux amortissements retenues par ailleurs, et se calcule aujourd'hui de la façon suivante : 75 % des dotations aux amortissements affectées à la recherche, auxquels s'ajoutent 40 % des dépenses de personnel de recherche. Ce dernier taux, fixé à 50 % à l'origine, avait déjà été abaissé à 43 % par la loi de finances pour 2020 ; la loi de finances pour 2025 l'a de nouveau réduit, à 40 %, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. Ce poste représentant fréquemment plus de la moitié des dépenses déclarées au titre du CIR, l'administration y porte une attention particulière lors des contrôles.

Le CIR couvre-t-il encore les frais de brevets et la veille technologique ?

Il convient d'apporter ici une précision importante, qui contredit une présentation encore répandue du dispositif : les frais de prise, de maintenance et de défense de brevets et de certificats d'obtention végétale, ainsi que les dotations aux amortissements de ces mêmes brevets, ont été exclus de l'assiette du CIR par la loi de finances pour 2025, pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. Il en va de même des dépenses de veille technologique, également écartées de l'assiette à cette date. Ces catégories de dépenses, qui figuraient historiquement parmi les postes éligibles au CIR, ne peuvent donc plus être retenues pour les dépenses exposées depuis cette réforme, ce qui impose aux entreprises ayant l'habitude de les valoriser d'ajuster leur méthode de calcul en conséquence.

Quelles conditions pour la sous-traitance de travaux de R&D ?

Cette section précise les conditions propres aux dépenses de recherche confiées à des tiers, qui obéissent à un régime distinct de celui applicable au personnel interne de l'entreprise.

L'exigence d'agrément du sous-traitant

Les dépenses exposées pour des opérations de recherche confiées à des organismes de recherche publics ou assimilés relèvent du d du II de l'article 244 quater B du CGI, tandis que celles confiées à des organismes de recherche privés ou à des experts scientifiques ou techniques relèvent du d bis du même II. Depuis le 1er janvier 2022, l'ensemble de ces organismes, qu'ils soient publics, assimilés publics ou privés, doivent être titulaires d'un agrément délivré par le ministère chargé de la recherche pour que les dépenses correspondantes soient éligibles chez l'entreprise donneuse d'ordre. Les travaux ainsi sous-traités doivent en outre correspondre à de véritables opérations de recherche et de développement, nettement individualisées : de simples cotisations versées à un organisme de recherche, indépendantes de la réalisation d'opérations spécifiques, ne sauraient être retenues à ce titre.

Les plafonds applicables selon le lien de dépendance

En application du d ter du II de l'article 244 quater B du CGI, le montant des dépenses de recherche externalisées pouvant être retenu dans la base de calcul du CIR est plafonné, pour l'entreprise donneuse d'ordre, à 2 millions d'euros par an lorsqu'il existe un lien de dépendance, au sens du 12 de l'article 39 du CGI, entre l'entreprise et l'organisme sous-traitant, et à 10 millions d'euros par an en l'absence d'un tel lien — ce plafond de 2 millions d'euros étant inclus dans le plafond global de 10 millions d'euros. Ces dépenses externalisées demeurent par ailleurs retenues dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt, ce qui peut, en pratique, constituer une limite plus contraignante que le plafond en valeur absolue pour une jeune entreprise dont les dépenses internes restent modestes.

Le CIR couvre-t-il aussi les dépenses d'innovation ?

Le crédit d'impôt innovation, parfois désigné « CIR-Innovation », constitue un dispositif distinct du CIR proprement dit, bien que rattaché au même article du code général des impôts. Il est prévu au k du II de l'article 244 quater B du CGI et vise les dépenses relatives à la conception de prototypes ou d'installations pilotes de nouveaux produits, exposées par des entreprises répondant à la définition communautaire de la PME. Les dépenses éligibles au CII sont plafonnées à 400 000 euros par an, et le taux du crédit d'impôt, fixé à 30 % pour les dépenses exposées entre 2023 et 2024, a été ramené à 20 % par la loi de finances pour 2025 pour les dépenses exposées depuis le 1er janvier 2025, ce taux étant prorogé à ce niveau jusqu'au 31 décembre 2027. À la différence du CIR, les frais de fonctionnement forfaitaires ne sont plus intégrés dans l'assiette du CII depuis 2023. Une même dépense ne peut, en toute hypothèse, être retenue simultanément dans l'assiette du CIR et dans celle du CII.

Quelles conditions transversales d'éligibilité ?

Au-delà de la nature de chaque poste de dépense, l'éligibilité au CIR suppose le respect de conditions communes à l'ensemble du dispositif. Les dépenses doivent en principe se rattacher à des opérations de recherche localisées dans un État membre de l'Union européenne ou dans un État de l'Espace économique européen ayant conclu avec la France une convention d'assistance administrative en vue de lutter contre la fraude et l'évasion fiscales ; le lieu d'utilisation des résultats de la recherche est, à cet égard, sans incidence sur cette condition de territorialité. Les dépenses doivent par ailleurs être retenues pour la détermination du résultat imposable à l'impôt sur le revenu ou sur les sociétés dans les conditions de droit commun.

Enfin, les subventions publiques perçues par l'entreprise à raison d'opérations ouvrant droit au crédit d'impôt doivent être déduites de l'assiette du CIR, au titre de l'année de leur encaissement. La loi de finances pour 2025 a précisé la portée de cette déduction : sont désormais concernées non seulement les aides versées par des personnes morales de droit public, mais également celles versées par des personnes morales de droit privé chargées d'une mission de service public, telles que Bpifrance.

Comment sécuriser son dossier en cas de contrôle ?

L'administration attend de l'entreprise qu'elle soit en mesure de reconstituer, poste par poste, le montant de chaque catégorie de dépense éligible, y compris lorsque celles-ci procèdent de coûts globalisés ou partiellement immobilisés en comptabilité, et d'expliquer cette ventilation en cas de contrôle. Les erreurs les plus fréquemment relevées concernent l'imputation de personnel de soutien parmi le personnel de recherche proprement dit, des travaux insuffisamment documentés sur le plan scientifique et technique, le recours à un sous-traitant non agréé, la confusion entre une véritable démarche de R&D et une simple activité courante de l'entreprise, ainsi que l'absence de traçabilité du temps réellement consacré par les équipes aux opérations de recherche — l'administration rappelant à cet égard que toute détermination purement forfaitaire du temps passé est exclue.

La jurisprudence récente illustre la vigilance apportée par les juridictions à ces questions de qualification. Le Conseil d'État a ainsi admis la prise en compte, dans l'assiette du CIR du donneur d'ordre, de dépenses de sous-traitance qui ne relèvent pas elles-mêmes de la R&D mais qui sont indispensables à la réalisation d'une opération de recherche menée en interne, sous réserve que ces tâches soient directement liées à la recherche menée, en lien direct avec son objet, réalisées par du personnel techniquement qualifié et productrices d'un résultat inédit (CE, 22 juillet 2020, n° 428127, FNAMS). Plus récemment, la cour administrative d'appel de Paris a jugé qu'un organisme de recherche privé agréé exécutant une prestation globale d'ingénierie avec obligation de résultat pouvait inclure dans l'assiette de son propre CIR les dépenses de recherche exposées pour son compte à l'occasion de cette prestation (CAA Paris, 25 janvier 2025, n° 23PA02531, société Assystem).

Pour sécuriser un projet avant même son engagement, l'entreprise peut solliciter un rescrit auprès de l'administration, sur le fondement de l'article L. 80 B du livre des procédures fiscales : l'absence de réponse dans un délai de trois mois vaut alors accord tacite, mais celui-ci ne vaut que pour le projet de recherche précisément soumis à l'administration, ce qui n'exonère pas l'entreprise de renouveler cette démarche pour chacun de ses projets significatifs.

CIR et CII : principales différences

Le tableau suivant synthétise les principales différences entre le crédit d'impôt recherche et le crédit d'impôt innovation.

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Foire aux questions sur l'éligibilité des dépenses au CIR

Quelles dépenses sont réellement éligibles au CIR ?

Sont éligibles les dépenses de personnel affecté directement et exclusivement à la R&D, les dotations aux amortissements du matériel de recherche, les dépenses de sous-traitance agréée, les dépenses de normalisation, ainsi qu'un forfait de frais de fonctionnement calculé sur ces dépenses ; les frais de brevets et de veille technologique ont en revanche été exclus de l'assiette pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025.

Comment distinguer une véritable activité de R&D d'une simple amélioration de produit ?

La R&D éligible au CIR suppose la levée d'un verrou scientifique ou technique par des travaux de recherche fondamentale, appliquée ou de développement expérimental, tandis qu'une simple amélioration de produit sans incertitude technique réelle relève au mieux du crédit d'impôt innovation, voire d'aucun des deux dispositifs.

Les dépenses de sous-traitance sont-elles éligibles et sous quelles conditions ?

Oui, à condition que l'organisme sous-traitant soit agréé par le ministère chargé de la recherche et que les travaux confiés correspondent à de véritables opérations de recherche nettement individualisées, dans la limite d'un plafond de 2 millions d'euros par an en cas de lien de dépendance ou de 10 millions d'euros en l'absence d'un tel lien.

Faut-il que le sous-traitant soit agréé pour que la dépense soit retenue ?

Oui, depuis le 1er janvier 2022, l'ensemble des organismes de recherche publics, assimilés publics ou privés doivent être titulaires d'un agrément délivré par le ministère chargé de la recherche pour que les dépenses confiées ouvrent droit au CIR chez l'entreprise donneuse d'ordre.

Les frais de fonctionnement forfaitaires sont-ils inclus dans le calcul du CIR ?

Oui, ce forfait correspond à 75 % des dotations aux amortissements affectées à la recherche et à 40 % des dépenses de personnel de recherche pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025, ce dernier taux ayant été abaissé de 43 % à 40 % par la loi de finances pour 2025.

Le CIR couvre-t-il aussi les dépenses d'innovation, en plus de la R&D ?

Le CIR et le crédit d'impôt innovation sont deux dispositifs distincts : le CII, réservé aux PME au sens communautaire, vise la conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux, avec un taux de 20 % et un plafond de 400 000 € de dépenses par an depuis 2025.

Les dépenses doivent-elles être engagées en France ou peuvent-elles l'être dans l'UE/EEE ?

Les dépenses doivent en principe se rattacher à des opérations de recherche localisées dans un État membre de l'Union européenne ou dans un État de l'Espace économique européen ayant conclu avec la France une convention d'assistance administrative.

Quelles pièces faut-il conserver pour justifier l'éligibilité des dépenses en cas de contrôle ?

Il convient de conserver une ventilation précise des dépenses par poste, un suivi documenté du temps réellement consacré par les équipes aux travaux de recherche, les justificatifs d'agrément des sous-traitants, ainsi qu'une description scientifique et technique des travaux permettant d'en établir le caractère de R&D.

Conclusion

L'éligibilité au crédit d'impôt recherche repose avant tout sur la qualification scientifique et technique des travaux menés par l'entreprise, la comptabilisation des dépenses n'intervenant qu'en second lieu pour déterminer l'assiette du crédit d'impôt. La loi de finances pour 2025 a sensiblement resserré ce périmètre — abaissement du forfait de fonctionnement, suppression du dispositif jeunes docteurs, exclusion des frais de brevets et de veille technologique — ce qui impose aux entreprises de revoir leur méthode de calcul pour toute dépense exposée depuis le 15 février 2025. Une entreprise soucieuse de sécuriser son dossier a tout intérêt à documenter ses travaux au fil de l'eau, plutôt que de reconstituer ses justificatifs a posteriori, et à recourir, pour les projets les plus significatifs, à la procédure de rescrit.

Cette exigence de rigueur documentaire rejoint plus largement les problématiques rencontrées par les dirigeants de sociétés innovantes, qu'il s'agisse de la conclusion de conventions réglementées en SAS ou des obligations déclaratives issues du dispositif Sapin 2 relatif au statut de lanceur d'alerte.

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